Sidonia a remporté une grande victoire contre les gaunas, au prix de lourdes blessures pour Izana. Depuis qu'ils ont surmonté cette épreuve, Nagate, Yuhata, Izana et Tsumugi sont plus proches que jamais. Mais tandis que l'équipage profite d'un répit bien mérité, dans des recoins inconnus du vaisseau, l'ambition démesurée d'Ochiai est sur le point de porter ses fruits.