Suite au développement de l'émetteur de gravitons, l'amiral ordonne un assaut général sur le grand essaim. Mais c est le moment précis que choisit Ochiai, le savant fou à l'origine de la plus grande catastrophe de Sidonia, pour transférer son esprit dans Kanata, un être hybride à la puissance démesurée.

Avec Nagate hors jeu et Kanata équipé d un émetteur de gravitons en amnios, Ochiai a le champ libre. Une catastrophe sans précédent menace Sidonia !