En plein festival de la gravité, le Sidonia est la cible des gauna, ces étranges créatures avec lesquelles toute communication est impossible. Face à cette invasion, l’amiral ordonne une accélération d’urgence de Sidonia, entraînant le sacrifice de nombreuses vies. Seulement, Nagate Tanikaze préfère s’élancer dans l’espace pour protéger Shizuka, la première fille qu’il a rencontrée à la surface…