Bien que le sauvetage de Telluru Ichigaya, seule rescapée des colons de la planète Seven, se soit achevé sans encombre, la vision du grand essaim entraperçue par Nagate et ses compagnons les hante encore. Mais d'autres préoccupations les accaparent bientôt : une mission de transport jusqu'au coeur du système Lem à bord du Mizuki, le nouveau croiseur de la flotte. Loin des ressources de Sidonia, les pilotes se retrouveront livrés à eux-mêmes dans des espaces inconnus où le danger peut surgir à tout moment.