Deux ans se sont écoulés depuis que Jin Minakata a franchi cent et quelques dizaines d'années à travers le temps pour se perdre dans l'époque de la fin du Shogunat. Une époque qui se rapproche progressivement du futur... Tandis qu'à Kyoto a lieu l'affaire d'Ikedaya, l'histoire entre finalement de plein fouet dans une période des plus tourmentées. Et pour soigner le mourant Shozan Sakuma, voilà que Jin lui-même se rend au cœur du tumulte sanglant de la capitale impériale ! Ainsi se lève le rideau sur la partie consacrée à la chaotique Kyoto... !