Kirito s'engouffre à l'intérieur du VRMMO « Alfheim Online » pour atteindre le sommet de l'Arbre du monde. Il y rencontre une Sylphide du nom de Leafa, qui accepte de l'y accompagner...

Cependant, Leafa n'est en réalité rien / personne d'autre que la propre sœur de Kazuto, Suguha. Cette dernière éprouve secrètement des sentiments pour celui qui est en réalité / s’avère être son cousin. Ils poursuivent leur route ensemble vers l' « Arbre du monde » sans connaître le destin qui les lie ni celui qui les attend...