Cal Donovan, professeur de religion et d'archéologie à Harvard, est convoqué en Italie par le Vatican pour y rencontrer un jeune prêtre portant les stigmates de la crucifixion. Quand ce dernier est enlevé par une mystérieuse organisation, Donovan fait équipe avec la soeur de la victime pour retrouver sa trace et empêcher le déclenchement d'une catastrophe apocalyptique.