Nouvelle-Angleterre, au début du XXe siècle. Peter, un orphelin de neuf ans, s'échappe de sa famille adoptive qui le maltraite. Son seul ami, un dragon de cartoon nommé Elliott, a le pouvoir de devenir invisible quand bon lui semble.

Les deux camarades arrivent dans une petite ville côtière et trouvent refuge chez le gardien du phare. Ensemble, ils vont vivre d'incroyables aventures et devront affronter le terrible Docteur Terminus qui veut mettre la main sur Elliott...