Alors qu'ils pensaient s'être débarrassés du bandit Bakura et de son Diabound, Yûgi et ses amis sont maintenant confrontés à un redoutable adversaire: le Grand Prêtre Zork Necrophedius! Le combat, commencé il y a 3000 ans, n'est toujours pas terminé. Seul le vainqueur pourra retourner dans le monde réel!