Plus déterminés que jamais à traquer et éradiquer toute présence extraterrestre sur la planète, l'agent Bishop et la F.T.P. mènent une attaque surprise sur l'île de Burnow. Les tensions explosent tandis que les Tortues Ninja rejoignent Burnow pour épauler Tricératons et Utroms dans une guerre sans merci qui ne laissera personne indemne...