À l'origine de l'ordre des hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem se trouve un hôpital fondé dans la Ville sainte au milieu du XIe siècle pour héberger les pèlerins venus prier sur le tombeau du Christ. Pendant deux siècles, les frères accueillent des voyageurs, riches ou pauvres, malades ou non, portent assistance aux déshérités et délivrent des soins médicaux aux blessés de guerre.

D'abord ordre religieux, il est investi de responsabilités militaires dès le XIIe siècle avant même de devenir pleinement un ordre religieux-militaire. Pour preuve, l'apparition de frères d'armes, engagés avec les Templiers dans la défense des Lieux saints et des États latins d'Orient, et la grande forteresse du Crac des Chevaliers, qui atteste aujourd'hui encore de l'importance des moyens consacrés à cette tâche.

La Terre sainte, mais aussi la péninsule Ibérique, sont le terrain d'élection de leur engagement dans les combats et la défense des forteresses. Pour mener leurs missions sur le « front », ils peuvent s'appuyer sur des ressources accumulées à « l'arrière », dans la chrétienté latine d'Occident, grâce à un puissant réseau de maisons et provinces. Chassé de Terre sainte à la chute d'Acre en 1291, l'hôpital se replie à Chypre avant de s'établir à Rhodes à partir de 1310.

Assiégé par Soliman le Magnifique, il se réfugie à Malte fin 1521. De nos jours, l'ordre de Malte est revenu à la vocation charitable de ses débuts.