Cinq ans après la chute de l'Empire, la Nouvelle République est menacée de disparition. Le dernier chef de guerre de l'Empereur, le grand amiral Thrawn, s'est lancé à la conquête du pouvoir. Ses armes : une flotte gigantesque et des troupes innombrables, générées par un système de clonage révolutionnaire. Face à ce stratagème hors pair, Luke Skywalker et ses compagnons mènent leur plus dur combat depuis la destruction de la seconde Etoile Noire.