Au milieu du siècle dernier, le Japon s'apprête à entrer dans l'ère Meiji, passant sans transition du Moyen Age à l'Industrialisation. Les samouraïs n'ont plus leur place dans cette société moderne où les guerriers sont moins utiles que les commerçants. Kenshin, lui, n'a pas abandonné le port du sabre. Mais il s'en sert pour venir en aide aux plus faibles, et refuse de tuer. Il aspire à une vie paisible, loin du tumulte de la guerre et du souvenir de ses actes meurtriers. Malgré tout, pourra-t-il faire une croix définitive sur son passé d'assassin ?

Kenshin se rend à Kyoto pour y affronter son ennemi juré : Shishio. Ce dernier l'attend de pied ferme et lui réserve quelques surprises... dont un adversaire "de taille".