Jonathan Hawk, membre de la confrérie des assassins, hérite du "dossier 24" abandonné par Desmond Miles : récupérer le Fragment d'Eden n°24. Grâce à son rétro-sujet "El Cakr" Hawk mène parallèlement l'enquête en 1257, en Egypte. Mais les templiers sont également sur la piste de ce précieux objet.