Plus les recherches et découvertes de Masahiko avancent, plus la vérité semble complexe... Il est à présent en contact avec une entité qui se dit à la fois être issue de son esprit et devoir lui servir de professeur. Tandis que son enseignement commence, Masahiko est amené à se rapprocher de Misa, la jeune fille rencontrée dans le ciel, et à la voir régulièrement dans le monde " normal ". Pendant ce temps, en un lieu reculé des Etats-Unis, deux hommes continuent à travailler sur le dossier " Astral Project ". La sœur de Masahiko ainsi que son étrange ami semblent être au centre de leurs préoccupations, mais leur but est des plus inquiétants...