Un soir d'hiver, Melissa Stacker, étudiante à Chicago, est poursuivie par deux hommes près de la gare. Dans sa fuite, elle tombe sur les rails, mais échappe à la mort. Elle découvre également que des inconnus, qui se réclament de l'Etat, cherchent à la capturer. Elle s'interroge alors sur sa vie, qui pourrait n'être qu'un mensonge destiné à cacher un lourd secret, celui de la zone 52.