On sait maintenant que UQ Holder! est la suite directe de Negima! “UQ Holder” désigne le clan des éternels dont fait partie le héros, Tôta Konoe. Il s'agit du disciple de Yukihime, à savoir Evangeline Mc Dowell, un vampire de 700 ans. Mais Tôta est également le petit-fils du héros qui a autrefois sauvé le monde, Negi Springfield.

Avec l'aide de Kurômaru Tokisaki, Kirié et ses autres amis immortels, Tôta Konoe va combattre un redoutable ennemi.