Les fils de Splinter s'apprêtent à livrer la bataille de leur vie !

À peine remis de l'assaut tragique sur l'île de Burnow, les Tortues et leurs alliés sont pris dans un tourbillon de violence qui menace de plonger New York dans le chaos. Tandis que l'agent Bishop fomente un nouveau plan pour détruire les mutants grâce à un allié inattendu, Karai est de retour, et la petite-fille de Shredder compte bien reprendre la tête du clan Foot. Le sang coule et la guerre est déclarée... Menacé sur tous les fronts, le clan Hamato parviendra-t-il à protéger les siens ?