Il y a seize ans, Janni Dakkar s'est rendue dans les confins glacés de l'Antarctique et a ainsi suivi la trace de son père, le capitaine Nemo. L'histoire se poursuit désormais en 1941 durant la Seconde guerre Mondiale. Alors que Janni et l'équipage du Nautilus se battent contre les flottes allemandes, la reine des pirates apprend que ses proches sont pris en otages à Berlin.