Negi ne sait plus vraiment quoi faire face aux cristaux d’étoile et à leurs fées menaçantes, et craint pour la vie de ses élèves. Il demande l’aide d’Evangeline pour devenir plus fort et elle fait donc de lui son disciple. L’entraînement qu’il reçoit lui permet de faire rapidement des progrès, mais c’est surtout grâce à l’aide d’Asuna, de Konoka et de Setsuna qu’il découvre enfin la vérité. Les cristaux sont, en fait, le catalyseur des sentiments négatifs d’une certaine personne que notre jeune professeur connaît bien.