Quatre ninjas possédant des pouvoirs héréditaires spéciaux et provenant de différents villages disparaissent sans laisser de trace. Peu après une ombre gigantesque apparaît dans tous les pays : il s'agit de Hiruko, un ancien ninja de Konoha, qui menace les grandes puissances de déclencher un conflit global ! La 4e grande guerre Ninja sur le point d'éclater, Tsunade décrète l'état d'urgence. Mais voilà que Kakashi s'évanouit dans la nature à son tour, alors qu'il est précisément porteur du dernier attribut génétique qui manque encore à Hiruko. Enfreignant les ordres, Naruto se lance à la recherche de son Maître !