Grâce à une armée de clones, la République, dirigée par le Chancelier Palpatine, est déterminée à vaincre l'armée droïde des séparatistes insurgés. Les Chevaliers Jedi se retrouvent alors embarqués dans cette terrible guerre, et deviennent combattants, espions et généraux. En outre, un Sith que l'on pensait mort depuis des années revient pour semer davantage de chaos... Dark Maul est en effet bien vivant et plus impitoyable que jamais !