Kimball O’Hara est un agent des services secrets britanniques au destin bouleversé un soir de l’année 1899 à Bombay. La filature d’un agent russe l’a mené sur un paquebot du gouvernement anglais qui sera victime d’un attentat quelques instants après son arrivée.

Dans le chaos général, il est désigné coupable du drame. Pour prouver son innocence, désamorcer les tensions diplomatiques et espérer un jour revoir son fils, Kim va devoir récupérer des documents secrets restés dans l’épave du bateau tombée au fond de la baie.

Malheureusement, aucun homme n’est capable de s’enfoncer aussi profondément dans les fonds marins. Aucun, sauf peut-être un seul, son nom est Némo. Fuyant les autorités indiennes, Kim se met en quête de ce personnage légendaire à qui appartient le sous-marin le plus performant de tous les temps, le nautilus.