Retour sur Terre, au Japon. Après avoir survécu à de terribles combats au sein du monde magique, Negi doit maintenant relever un défi plus formidable encore : réussir à sauver ce dernier de la destruction. Un travail qu’il effectue de concert avec son ancien ennemi juré, Fate, au grand étonnement des élèves de la 3-A. Et si l’entreprise est noble, elle s’accompagne cependant d’un lourd prix à payer...