Après sa tentative d’insurrection, le Joker est à nouveau neutralisé par Batman et retrouve sa cellule à l’asile Arkham ! Mais le nouveau maire de Gotham rend désormais hors-la-loi tous les personnages costumés, héros ou vilains, et confie également la création d’Arkham City au dangereux Hugo Strange. Un climat qui va inciter le Chevalier Noir à redoubler de vigilance…