Le jeune et fougueux prince Burn Slanzer, dont le pays, le royaume de Faernélie, a été anéanti par l'empire Zaibach, s'introduit chez l'ennemi pour délivrer la reine, sa mère. Il est aidé par une jeune fille terrienne, Hitomi, incarnation du cristal énerghyste qui fournit l'énergie au chevalier de fer Escaflowne. Hélas, dans sa folie, Dilandor assassine la reine. Après bien des aventures, Burn rejoint les rangs des résistants. Parmi eux, il découvre son ennemi juré: Dilandor.