Hitomi, une jeune lycéenne de 16 ans, fait un rêve récurrent dans lequel elle voit des êtres qui semblent faire partie d'un autre monde. Alors qu'elle participe à une séance mystique, la voilà tout à coup téléportée dans cet univers étrange, où elle reconnaît les personnages de ses songes ! Là, elle apprend qu'elle a été appelée pour que son esprit s'incarne dans le cristal énerghyste, source d'énergie du protecteur du royaume, l'impressionnant robot Escaflowne. Devenue à son corps défendant une pièce maîtresse dans la guerre qui oppose le royaume de Faërnélie à l'empire Zaïbach, Hitomi est destinée à vivre, près de l'impétueux prince Burn, de grandes aventures...