La bataille des Douze Maisons du Sanctuaire s'est achevée sur la victoire d'Athéna. Mais l'énergie dégagée lors de ces combats épiques a permis la résurrection d'Éris, la déesse de la Discorde ! Shôko se retrouve de nouveau face à l'image de sa sœur Kyôko, pervertie par l'âme de la déesse maléfique...

De son côté, Aiolia, qui s'est infiltré dans l'Eden Obscur apparu près du Sanctuaire, se voit barrer la route par Saga, pourtant censé être mort !!