En compagnie de Sasuke et de Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école de ninjas du village caché de Konoha, poursuit son apprentissage. Sur l'invitation de Maître Kakashi, Naruto et ses coéquipiers se sont inscrits à l'examen de sélection des ninjas de « moyenne classe ». Après avoir réussi l'épreuve écrite, les candidats se rendent sur les lieux de la seconde épreuve : « la forêt de la mort ». Les différentes équipes se livrent une lutte sans merci pour s'emparer des rouleaux. C'est alors qu'un mystérieux ninja, Orochimaru, attaque Naruto et ses compagnons ! Il laisse une marque maléfique sur le corps de Sasuke et disparaît. Nos amis parviennent finalement à sortir de la forêt et se qualifient avec sept autres équipes pour la troisième épreuve. Un tour préliminaire est alors organisé : il s'agit d'une série de combats individuels visant à réduire le nombre de candidats. C'est le moment que Kabuto choisit pour abandonner l'examen de sélection...