Depuis la fin de la IVe Grande Guerre Ninja, Kakashi – devenu Hokage – remarque que les désertions de ninjas se sont multipliées. Saï est parti mener l'enquête et ses pérégrinations l'ont conduit au Pays du Silence. Il ne revient pas non plus et envoie une mystérieuse lettre dans laquelle il exprime son attachement à Gengo, le chef de ce pays. Shikamaru insiste auprès du Hokage pour aller sauver son ami !