Hérodote définit son projet dans une brève et assez vague introduction (T 1). Il va, dit-il, exposer le résultat de ses recherches, ou de son enquête afin que ce que les hommes ont fait ne s'efface pas avec le temps. Plus précisément, l'auteur vise les faits importants et remarquables/étonnants qui, ceci mérite d'être souligné, sont survenus aussi bien chez les Grecs que chez les Barbares : ces faits ne peuvent pas perdre de leur éclat, ne peuvent pas tomber dans l'oubli.

Enfin, Hérodote limite encore plus étroitement son objectif : montrer la cause du conflit qui a opposé les Grecs et les Perses.

Livre I - Hérodote commence par une histoire de la Lydie et du roi Crésus, « le premier des Barbares qui asservit certains Grecs » (I, 6), puis passe à l'histoire et aux mœurs des Mèdes et des Perses, jusqu'à Cyrus, le vainqueur de Crésus.

Le livre II est entièrement consacré à l'Égypte, vaste digression justifiée par la conquête de ce pays par Cambyse, le fils et successeur de Cyrus.

Les livres III et IV abordent l'histoire de Polycrate de Samos, puis de Darius, successeur de Cambyse, qui mène sans succès une vaste expédition contre les Scythes, occasion pour Hérodote de décrire leur pays et leur mode de vie. Une autre campagne de Darius, contre la Cyrénaïque, permet à l'auteur de faire état de ses connaissances sur cette région du nord de l'Afrique.

Avec les livres V et VI, on aborde enfin les préliminaires des guerres médiques : soulèvement des Grecs d'Ionie, expulsion de Miltiade de la Chersonèse puis bataille de Marathon et mort de Darius.

Les livres VII - IX sont consacrés à la seconde guerre médique (batailles des Thermopyles, de l'Artémision, de Salamine, de Platées) et le récit se termine par la prise par les Athéniens de la ville de Sestos, sur l'Hellespont.