Dans la première partie du volume, les frères Elric sont de retour à Central City accompagnés de Winry, leur amie d'enfance, et de Lin, un mystérieux visiteur en provenance de la lointaine contrée de Xing. Ils découvrent avec douleur que la ville est le théâtre d'un complot terrible impliquant les plus hautes instances de l'armée. Le colonel Mustang et son équipe, au cœur de la tourmente, tentent de démêler le fil de la vérité même si, pour cela, ils risquent de tout perdre. Militaires ou Homonculus, qui restera en vie ?!

Puis, après avoir découvert les mille et une merveilles de la cité perdue de Xerxes, Edward est de retour dans son village natale de Resembool. Alors qu'il se rend au cimetière de la petite bourgade, il y fait une rencontre inattendue qui l'incitera à en apprendre plus sur la transmutation de sa mère?

Pendant ce temps, à Central City, Scar continue son jeu de massacre dans le rang des alchimistes d'état. Les homonculus, plus dangereux que jamais, sont bien décidés à mener à terme leurs plans machiavéliques. Qui pourra enfin percer le secret de cette organisation mystérieuse ? Les frères Elric vont-ils pouvoir retrouver leurs corps ? Et qui est cet énigmatique individu qui se recueille sur la tombe de leur mère ?