Alors que la menace biologique qui planait sur le Japon semblait avoir été jugulée à la suite de la mort du gourou de la secte, Fujimaru découvre que rien n'est encore terminé : les terroristes projettent en réalité de faire exploser une bombe à neutrons ! Ignorant que le véritable mentor de la secte n'est autre que son amie Mako, Fujimaru, Otoya et les agents du Third-i n ont que cinq jours pour déjouer cet épouvantable plan avant qu'il ne soit mis à exécution !