L'histoire évoque le monde du chemin de fer et se déroule tout au long de la ligne Paris-Saint-Lazare - Le Havre. Entre les deux gares, décrites avec une grande précision, les héros ne cessent d'osciller, dans un trajet pendulaire, jouets des passions qui les dominent. De grands drames arriveront à mi-chemin du parcours, au croisement des destins, dans un tunnel, et au carrefour (lieu-dit imaginaire à consonance négative) de la Croix de Maufras. On a coutume de dire que cette histoire comporte deux héros : d'une part le mécanicien Jacques Lantier et de l'autre sa locomotive, la Lison, que Lantier aime plus qu'une femme. Outre son aspect documentaire, La Bête humaine est un roman noir, sorte de thriller du xixe siècle qui a choqué les contemporains de Zola. On ne décompte pas moins de deux viols, plusieurs meurtres, au moins deux suicides, et deux catastrophes, dont beaucoup sont inspirés de faits divers réels. On a même soutenu que cette sombre et terrible avalanche, digne du grand Guignol, a nui à Zola dans son éventuelle élection à l'Académie française.

Les pirates rouges sèment la mort et la désolation dans les Six-Duchés. Le royaume est affaibli et ne dispose que de peu de ressources pour les combattre. Le roi est seul, entouré d'une cour qui intrigue, d'une armée qui doute et... d'un assassin royal. Fitz, le bâtard princier, est devenu une arme redoutable et redoutée. Il maîtrise le Vif - la faculté de communiquer avec les animaux - et devient expert dans l'Art. Guerrier accompli, rompu à toutes les façons de tuer, il personnifie autant la justice du roi qu'il est le chevalier servant du prince Vérité. Mais il est aussi un obstacle pour le prince Royal qui veut accéder au trône, et nombreux sont ceux qui souhaitent sa mort...