Formées à l'art du ninjutsu par Maître Splinter, les quatre Tortues Ninja sont depuis toujours des guerriers hors pair. Pourtant, pour Donatello, ce n'est pas encore suffisant. Convaincu de pouvoir améliorer ses compétences, il se met en quête d'un nouveau mentor, et qui de mieux que Batman pour le former aux techniques de combat nocturnes ? En empruntant le portail qui le mène à Gotham City, Donatello laisse cependant le terrible Bane pénétrer dans les rues de New York. Leonardo, Michelangelo et Raphael seront-il assez de trois pour venir à bout d'une armée de super-vilains prêts à détruire leur ville?