Dans un contexte toujours plus complexe et violent, le monde a besoin d'une équipe qui puisse agir rapidement et librement. Steve Rogers réunit ainsi les Secret Avengers qui protègent la Terre en accomplissant des missions secrètes et non officielles. Lorsque Captain America cède sa place de leader, la formation connaît de nombreux autres changements et doit affronter une menace plus inquiétante que jamais.