Un scientifique, récemment victime de crises aiguës de paranoïa, est retrouvé mort à son domicile origine du décès ? Mystérieuse, chargée de l'enquête, l'agent fédéral Dana Scully découvre bientôt plusieurs indices défiant toute explication rationnelle. Son partenaire, Fox Mulder, réalise que Le défunt travaillait sur un projet top secret pour le gouvernement, avant d'être à son tour la proie de ses phobies.