Le retour des Tortues à New-York ne s'est pas passé comme elles l'auraient espéré.

Pire encore, Shredder et Krang se rencontrent enfin, mais vont-ils être capable de mettre leurs divergences de côté afin de s'allier ? Pendant ce temps, Old Hob poursuit son plan de création de Mutants, dans un but encore flou. Nos quatre frères vont alors devoir se demander s'ils peuvent réellement lui faire confiance, et si son aide face au Clan Foot est réellement désintéressée.