L'histoire de deux hommes, Ibuya et Tezuka, face aux bouleversements de la restauration de Meiji. Une fresque historique en huit volumes où un samouraï trop idéaliste pour se prêter aux jeux du pouvoir et un médecin rompu aux techniques occidentales font route ensemble et écrivent, à leur manière, la grande Histoire. L'arbre au soleil est ici une allégorie du régime des Tokugawa, un régime tenu d'une main de fer depuis près de trois siècles mais rongé de l'intérieur par la vermine, prêt à s'effondrer au moindre tremblement de terre...