Sora et ses amis vivent paisiblement sur une ile paradisiaque. L'irruption des Sans-Coeurs, etres énigmatiques tout doirt sortis des Ténèbres, contraint Sora a se lancer dans une epopée rocambolesque. Rejoint par Donald et Dingo, a la recherche du Roi Mickey, il va devoir explorer de nombreux mondes issus de l'univers Disney, et affronter ses plus grands 'mechants', a commencer par Malefique, de la Belle au Bois Dormant.