525 av. J.-C. : une armée dépêchée par le roi des Perses, forte de cinquante mille hommes, disparaît corps et biens dans une tempête de sable en plein Sahara. 1986 ap. J.-C. : une expédition britannique partie sur ses traces s'évanouit à son tour. Le Bureau de Recherche et de Défense sur le Paranormal est saisi de l'affaire et envoie alors son plus illustre investigateur : Hellboy, le démon rouge ramené de l'enfer par les nazis et recueilli par les alliés. Sa mission : retrouver l'équipe disparue et élucider le maléfice qui règne en ces lieux. Ignorant les avertissements que lui adressent les morts eux-mêmes, Hellboy et ses compagnons vont se jeter dans les griffes de légions de morts-vivants et dans le piège dressé pour eux par le sorcier immortel qui dirige cette Armée maudite !