Paphnuce est un abbé d'un groupe de moines cénobites égyptiens fondamentalistes (IVe siècle après J-C). Il s'est retiré dans le désert pour se repentir de sa jeunesse frivole. Après des années de vie monacale, une vision le pousse à revenir sur les lieux de son adolescence. Illuminé, il se donne pour mission de "sauver l'âme" de Thaïs, courtisane de la ville d'Alexandrie, célèbre pour les qualités de son esprit autant que pour sa beauté éblouissante. Paphnuce va parvenir à convaincre la belle Thaïs de rejoindre la vie religieuse afin de trouver le chemin du Ciel et la vie éternelle. Cependant, Paphnuce tombe éperdument amoureux et dès lors, il est dévoré par la jalousie sexuelle en imaginant tous les hommes que Thaïs a accueillis dans son lit. Toute une vie de prières et d'ascétisme, ne réussira pas à éteindre le feu que la seule vue de Thaïs a engendré dans son coeur. Il finira par renier Dieu en recueillant le dernier souffle de Thaïs.