En l’an 2000, une gigantesque explosion se produisit en Antarctique, provoquant un cataclysme qui dévasta une grande partie de la planète. Les autorités déclarèrent que cette catastrophe était due à la chute d’un astéroïde. Quinze ans plus tard, l’humanité a surmonté cet événement, appelé le Second Impact. Mais de mystérieuses créatures géantes nommées Anges font leur apparition, et tentent de détruire Tokyo-3, la nouvelle capitale-forteresse du Japon, construite après le Second Impact. Pour les combattre, l’organisation secrète NERV a mis au point une arme ultime, l’« Evangelion » ou « Eva », géant anthropoïde dont le pilotage repose sur la capacité du pilote à fusionner avec son mécha.

Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, directeur du projet Eva. Il est loin de se douter que sur ses épaules fragiles vont reposer le destin du monde et la fin de l’humanité… À moins qu’il ne s’agisse que du début d’une autre ère, annoncée depuis la nuit des temps par les manuscrits de la Mer Morte.