1665. La peste noire a déjà tué plus de 30000 personnes à Londres, où Christopher Rowe vit seul dans son officine d'apothicaire, depuis la mort de son maître. La mort rôde à chaque coin de rue et les charlatans pullulent, profitant de la panique qui s'est emparée de la population.

Melchior, un prophète charismatique, prétend pouvoir prédire où la mort frappera la prochaine fois. Un apothicaire affirme quant à lui avoir trouvé un remède à cette terrible maladie. Et bientôt, Christopher et son ami Tom se retrouvent mêlés à une sombre et terrible conspiration...